Une nouvelle Porte des étoiles découverte dans la cité perdue d'Atlantis, au milieu des glaces de l'Antarctique, devient la nouvelle base secrète de l'armée. L'équipe Stargate : Atlantis a pour mission d'explorer la galaxie Pegase, où de nombreuses planètes ont été peuplées par la civilisation humaine qui vivait autrefois dans la cité d'Atlantis. Dans cet univers encore inconnu de la Terre, la nouvelle équipe d'explorateurs rencontrera un nouvel ennemi craint de tous : The Wraith...

Houston. Le coéquipier de Jack Caine, un flic aux méthodes radicales, est abattu au cours d'une opération par les hommes du puissant trafiquant de drogue, Victor Manning. Mais ceux-ci sont à leur tour massacrés par Talec, un géant extraterrestre qui leur dérobe leur précieuse marchandise. Contraint par son supérieur de prendre quelques jours de vacances, Jack en profite pour se lancer sur la piste du tueur. Peu après, il fait la connaissance de son nouveau coéquipier, Lawrence Smith, un agent du FBI très respectueux du règlement...