La historia tiene lugar en una metrópolis ficticia conocida como Ciudad Z, en Japón. El mundo se ve invadido por extraños monstruos que aparecen misteriosamente y que causan numerosos desastres a la población. Saitama es un poderoso superhéroe calvo que derrota fácilmente a los monstruos u otros villanos con un único golpe de su puño. Debido a esto, Saitama ha encontrado aburrida su fuerza y siempre está tratando de encontrar rivales más poderosos que le puedan igualar. En sus aventuras se encuentra con nuevos amigos, enemigos y su propio discípulo, el poderoso cíborg Genos, y se une a la Asociación de Héroes para ganar fama por todas sus acciones y para prevenir el mal. A pesar de derrotar a muchos más enemigos poderosos que los principales héroes, incluso los de la Asociación de Héroes, Saitama es incapaz de conseguir el reconocimiento de sus acciones en general. La mayoría de la gente lo discrimina por su apariencia física normal y algunos lo acusan de ser un héroe falso; así mismo los guerreros más fuertes lo discriminan basados en la falta de reconocimientos por la asociación de héroes sin tener idea que es más fuerte que todos. Solo un pequeño número de individuos reconocen su increíble talento y humildad hacia los demás.

En la historia, Subaru Natsuki es un estudiante corriente de instituto que se pierde en un mundo alternativo, donde una preciosa chica de pelo plateado lo rescata. Para devolverle el favor decide quedarse con ella, pero el destino con el que carga la muchacha es mucho más pesado de lo que Subaru puede imaginar. Los enemigos atacan sin descanso, uno tras otro, hasta que finalmente mueren tanto él como la chica. Es entonces cuando Subaru descubre que tiene el poder de dar marcha atrás en el tiempo y volver al inicio de la historia, al punto en el que llegó al mundo desconocido. El problema es que él es el único que recuerda lo ocurrido.

Ichiro Suzuki es un programador que iba a tomar una siesta y de alguna manera despierta en el mundo que estaba editando antes de dormir, donde ve su nuevo nombre: Satou Pendragon. Al activar una habilidad que venia predeterminadamente, visualiza un grupo de hombres con forma de lagarto no muy lejos de su posición. Para sobrevivir, Satou utiliza la habilidad de regalo Lluvia de estrellas o Ducha de Meteoros, donde al aniquilar a todos los enemigos sube hasta el nivel 310 y se vuelve muy rico. Satou decide esconder su nivel y vivir pacíficamente conociendo personas nuevas. Aun así, desarrollos en la historia del juego, como el regreso de un rey de demonio, causan un inconveniente a los planes de Satou.

En la historia, Subaru Natsuki es un estudiante corriente de instituto que se pierde en un mundo alternativo, donde una preciosa chica de pelo plateado lo rescata. Para devolverle el favor decide quedarse con ella, pero el destino con el que carga la muchacha es mucho más pesado de lo que Subaru puede imaginar. Los enemigos atacan sin descanso, uno tras otro, hasta que finalmente mueren tanto él como la chica. Es entonces cuando Subaru descubre que tiene el poder de dar marcha atrás en el tiempo y volver al inicio de la historia, al punto en el que llegó al mundo desconocido. El problema es que él es el único que recuerda lo ocurrido.