John Smith parece ser um adolescente comum, mas é, na verdade, um alienígena do planeta Lorien entre nove que estão vivendo como humanos na Terra. Seu objetivo é se esconder dos Mogadorians, inimigos que precisam eliminar todos eles na sequência correta. Para isso, ele troca de identidade e cidade constantemente com a ajuda de seu guardião, Henri. Com os números Um, Dois e Três assassinados, John é o próximo a ser perseguido, mas encontra uma razão para parar de fugir.

O Dr. Bolivar Trask acredita que os mutantes são uma ameaça para a humanidade. Ele desenvolve gigantescos robôs chamados Sentinelas, que perseguem impiedosamente os mutantes. Os poucos sobreviventes precisam viver escondidos. Wolverine viaja no tempo para procurar os jovens Xavier e Magneto e impedir que eles sejam caçados e aniquilados no futuro.