Jesse part au Mexique avec Gus et Mike pour donner la méthode de fabrication des méthamphétamines. Jesse parvient à préparer une fournée de grande qualité sans l'aide de Walter. Il comprend alors que le cartel veut qu'il reste au Mexique pour cuisiner là-bas. Une petite fête est ensuite organisée chez Don Eladio avec les grosses têtes du cartel. Mais la réception tourne au massacre : Gus a empoisonné une bouteille d'alcool, dont il a dû aussi boire un verre en s'empoisonnant lui-même. Il s'en sort en vomissant et lui, Mike et Jesse prennent la fuite mais Mike va recevoir une balle. Jesse réussit à neutraliser le tueur. À Albuquerque, Walter se remet de sa bagarre avec un mélange d'antidouleurs et d'alcool, si bien que le lendemain, quand Walter Jr. rend visite à son père, il est totalement désorienté. Cet épisode pousse Walter à se confier à son fils. De son côté, Skyler fait passer une partie de l'argent de la drogue à Ted Beneke via Saul Goodman, qui désapprouve : en effet, l'avocat véreux a des doutes sur ce que cet argent va devenir. Et en effet, Ted profite de cette manne pour essayer de relancer son entreprise et s'acheter une Mercedes plutôt que régler ses affaires avec le fisc.

Episode Final Juste après l'arrivée de la police dans le bar où il se trouvait pour les attirer, Walt quitte le New Hampshire pour rejoindre Albuquerque. À son arrivée, il pénètre dans la maison de Gretchen et Elliot Schwartz. Il leur remet tout l'argent qui lui reste (soit 9,72 millions de dollars), et leur ordonne de le donner à son fils pour ses 18 ans, en lui disant que cet argent vient d'eux et non de Walt. Sous la menace visuelle de faisceaux laser pointés sur leur corps, censés provenir de deux tueurs à gages qui auront pour mission de les exécuter s'ils ne mènent pas cette mission à terme, les Schwartz sont contraints d'accepter. En fait de tueurs professionnels, il s'agit en réalité de Badger et Skinny Pete, qui mimaient le viseur d'une carabine de sniper munis de stylos laser. Ils apprennent à Walt que la méthamphétamine bleue circule toujours. Ce dernier en déduit que Jesse travaille désormais pour le gang de Jack. Après avoir acheté une mitrailleuse lourde et être passé récupérer la ricine cachée dans son ancienne maison, Walt s'en va dans le désert préparer un mécanisme intrigant. Puis se rend dans le café où Lydia a l'habitude d'avoir ses rendez-vous, toujours le même jour et à la même heure. Il la trouve en effet en compagnie de Todd, et s'immisce dans leur conversation, prétendant avoir un marché à leur proposer : il les sait bientôt à court de méthylamine et déclare avoir mis au point un procédé ne nécessitant pas cet ingrédient pour produire de la méthamphétamine, demandant à rencontrer Jack le plus rapidement possible pour lui soumettre cette idée. Après son départ, Lydia confie à Todd qu'il est hors de question d'accepter, lui suggérant implicitement de supprimer Walt. Depuis le petit appartement où elle vit désormais, Skyler reçoit un coup de fil de sa sœur. Marie lui apprend alors que les forces de l'ordre ont appris le retour de son ex-mari en ville et qu'elle doit faire très attention à elle. Mais Walt est déjà là, pour lui faire de vrais adieux. Il lui remet un ticket de loterie avec ses numéros, en fait les coordonnées GPS du site où étaient enterrés les barils de billets, qui est désormais le lieu où sont enterrés Hank et Steve Gomez ; il lui conseille de négocier cette information avec le procureur afin de se tirer d'affaire. Pour finir il lui avoue enfin que s'il a fait tout cela, c'était avant tout pour lui-même, ayant trouvé dans cette entreprise criminelle un exutoire et une forme de reconnaissance de ses talents, lui permettant de se sentir vivant. Après avoir dit au revoir à sa femme et sa fille, et avoir aperçu son fils rentre chez lui, il se rend le soir même au repaire de Jack. Sa proposition de leur enseigner une nouvelle méthode de production est immédiatement rejetée, et Jack ordonne à ses acolytes de tuer le chimiste sur-le-champ. Mais Walt s'emporte et le traite de menteur, l'accusant de s'être associé avec Jesse au lieu de le tuer comme convenu. Atteint dans sa fierté, Jack ordonne alors de faire venir Jesse, pour montrer qu'il n'est pas un menteur : le jeune homme, qui est dans un état lamentable, ne travaille pas de plein gré avec eux, il est bel et bien devenu leur esclave. Walt saute alors sur Jesse et feint une bagarre. Mais ce n'est qu'un leurre pour pouvoir actionner à distance le redoutable mécanisme qu'il a mis en place : dans le coffre de sa voiture qu'il a sciemment garée juste devant le repaire et dans l'orientation adéquate, un système conçu par ses soins met en marche la mitrailleuse sur un bras articulé. Les balles de gros calibre fusent alors partout à travers le repaire du gang, tuant ses hommes un à un. Après ce carnage, Jesse étrangle Todd, qui s'était protégé à temps et était le seul indemne, avant de se délivrer de ses chaînes. Jack, bien que mortellement blessé, tente de négocier avec Walt, disant qu'il ne retrouvera jamais son argent s'il le tue, mais Walt l'achève d'une balle dans la tête avant qu'il ait terminé sa phrase (faisant écho à l'exécution de Hank). Il donne ensuite son arme à son ancien partenaire et lui demande de le tuer. Mais Jesse, remarquant que Walt a été grièvement touché au ventre dans la fusillade qu'il a orchestrée, et ne pouvant du reste se résoudre à se laisser manipuler une fois de plus pour accomplir la volonté de Walt, refuse d'obtempérer et lui rétorque qu'il n'a qu'à le faire lui-même. Le téléphone de Todd sonne alors : c'est Lydia, qui veut savoir si Walt a bien été éliminé, mais ce dernier lui apprend alors qu'il a empoisonné son thé à la stévia avec de la ricine et qu'il ne lui reste que quelques heures à vivre. Après un dernier regard approbateur de Walt envers Jesse, celui-ci prend une voiture et s'en va à toute vitesse, ivre de bonheur d'avoir enfin recouvré sa liberté. Walt se rend dans le laboratoire de Jack pour y attendre l'arrivée de la police dont les sirènes se font entendre au loin, comme nostalgique de ce genre d'endroit qu'il affectionnait tant et qui lui rappelle les heures les plus intenses