Les pilotes d'Evas sont tout excités à l'idée d'un futur voyage scolaire à Okinawa, mais ils ont malheureusement l'ordre de rester disponible en cas d'attaque d'Ange et donc doivent rester à Tokyo-3. Un Ange endormi au stade embryonnaire, Sandalphon, est découvert dans le magma des profondeurs d'un volcan en activité, et dans l'espoir d'en apprendre plus sur les Anges, Asuka est envoyée pour le capturer en descendant dans le magma avec L'Eva-02 équipée d'une combinaison spéciale de protection. Mais l'Ange se réveille et Asuka est forcée de se battre dans le magma.