Thomas Craven est un inspecteur vétéran de la brigade criminelle de Boston. Il élève seul sa fille de 25 ans. Lorsque celle-ci est retrouvée assassinée sur les marches de sa propre maison, personne n'a de doute : c'est lui qui était visé. Pour découvrir qui a tué sa fille, l'inspecteur Craven va devoir s'aventurer dans les milieux troubles où les affaires côtoient la politique. Il va aussi devoir découvrir les secrets de celle qu'il croyait connaître. Dans cet univers où chaque intérêt est supérieur, où chaque information vaut plusieurs vies, face à l'éminence grise du gouvernement envoyée pour effacer les preuves, la quête solitaire de Craven va le conduire au-delà de la pire enquête de sa vie, face à ses propres démons...

Quand leur monde s'écroule, une petite troupe hétéroclite s'allie sous la houlette d'un chien des rues et d'une chatte sophistiquée. L'opération survie est lancée !

En 2015, les X-Files n'existent plus depuis 2002, Mulder et Scully ne vivent plus ensemble. Mulder désillusionné par l'absence de preuves lui permettant de prouver l'existence d'un complot alien a perdu la flamme qui l'animait, et Scully travaille comme chirurgien dans un hôpital. Skinner, toujours directeur adjoint du F.B.I, les contacte, à la demande de Tad O'Malley qui souhaite les rencontrer. O'Malley est un journaliste conspirationniste de droite qui a une émission très suivie sur internet. O'Malley leur fait rencontrer Sveta, une jeune femme qui a de nombreuses fois été enlevée par les aliens et a même enfanté pour eux. Mulder s'anime à nouveau, retrouve la foi, ce qui fait peur à Scully.