House et son équipe traitent un patient avec la langue particulièrement enflée quand soudain un homme se présentant comme l'un de ses anciens patients entre dans son bureau et lui tire dessus. L'homme déclare ironiquement « Qui vous voudrait du mal ? ». House se réveille après 2 jours de coma en soins intensifs. À côté de lui on amène son agresseur : un vigile lui a tiré dessus. House, malgré son état, reste quand même concentré sur le patient à la langue enflée. House va voir Cuddy et s'aperçoit que s'il a mal à l'estomac et qu'il a des raideurs dans la nuque, douleurs faisant suite à son agression, sa jambe va mieux : House a été mis sous kétamine pendant l'extraction de sa balle, un traitement expérimental décidé par Cuddy, induisant un coma passager qui a une chance de venir à bout des douleurs chroniques en réinitialisant le cerveau. Il va observer la ponction lombaire pratiquée sur son patient, où il parle avec sa femme, mais finit par s'évanouir, ses points de suture s'étant ouverts. Se réveillant au lit, il se rend compte qu'il est victime d'hallucinations (le patient n'est pas marié). Pendant ce temps, son patient subit des symptômes peu communs (expulsion de l'œil par l'orbite, éclatement d'un testicule) puis fait une hémorragie. House commence à mettre en doute ses capacités mentales, son équipe réagissant au quart de tour quand il cherche à poser un diagnostic : soit ses capacités sont affaiblies, il étudie le cas de son patient de façon simpliste et son équipe assimile immédiatement ses hypothèses, voire le devance dans la recherche du diagnostic ; soit son équipe est devenue subitement plus efficace. Il est en colère contre Cuddy qui l'a abruti en voulant sauver sa jambe en lui administrant de la kétamine. Mais les hallucinations sont de plus en plus présentes, il ne sait plus quand il hallucine ou quand il est dans le réel.
Andie, une petite cancéreuse de 9 ans, est prise d'hallucinations dans sa salle de bains, elle brise le miroir et se coupe la main durant l'hallucination. Elle connaît tous les examens par cœur, ce qui surprend Chase. Elle voudra même à un moment l'embrasser car elle dit ne pas encore avoir connu l'impression d'avoir embrassé un garçon et pense qu'elle ne la connaîtra jamais. Chase accepte, après un refus initial. On remarque une tumeur bénigne sur le péricarde, diagnostiqué par écoute des battements du cœur, et on lui retire sans dommages.
Le diagnostic lui trouve une thrombose au cerveau. Pour retirer le caillot, House propose de lui retirer 2 à 3 litres de sang, après l'avoir refroidi jusqu'à une mort apparente. Ensuite le cerveau est scanné afin de trouver le caillot. Celui-ci se trouverait d'après Foreman à 4 millimètres de l'hippocampe, puis on lui remet le sang et on la réchauffe pour la ramener à la vie. Malgré le risque que présentait cette technique, elle permettra par la suite de retirer le caillot. En consultation, House s'occupe d'un homme ayant essayé de s'auto-circoncire avec un cutter.
Sebastian Charles, un médecin, avec le partenariat de la société pharmaceutique Stoïa Tucker, part en Afrique distribuer des médicaments contre la tuberculose. Lors d'une conférence au siège de Stoïa Tucker, il perd connaissance. House refuse catégoriquement que Charles entende le diagnostic. Charles invite Cameron à venir avec lui en Afrique. Finalement le diagnostic est presque routinier pour lui : la tuberculose. Mais c'est la forme résistante cette fois. Il raconte alors l'histoire d'une mère de famille en Afrique atteinte par la forme résistante de la tuberculose. Et comme elle n'a pas eu accès au traitement adéquat, il refuse qu'on lui donne le traitement pour la forme résistante. House veut alors lui donner le traitement tiers-monde mais il ne change pas d'avis. Quelques jours plus tard, il donne une conférence de presse, et montre des symptômes autres que ceux de la tuberculose : un coma hypoglycémique. House veut prouver qu'il a un nésidioblastome, c'est-à-dire une tumeur pancréatique, par un test d'hypoglycémie qui trahit la tumeur. Elle est finalement retirée et Charles peut de nouveau faire ses missions d'aide humanitaire en Afrique tout en suivant son traitement pour la tuberculose. Foreman se fait passer pour House auprès d'une migraineuse.
House est réveillé par Wilson à 6 h 30 du matin qui lui annonce qu'il ne veut plus continuer la chimiothérapie. House refuse car cela pourrait réduire les chances de survie de son ami.
John Henry Giles, un trompettiste paralysé depuis deux ans, doit enregistrer un morceau dans un studio. Mais il est soudain pris d'une crise de pneumonie. Il se trouve que son médecin, Marty Hamilton, est l'ancien mentor de Foreman. Hamilton et House ont deux diagnostics différents pour ce patient : l'un pense que c'est une sclérose latérale amyotrophique, l'autre que c'est autre chose. Giles veut signer un papier disant qu'en cas de complication, on ne le réanimera pas, argumentant que ça fait deux ans qu'il sait que c'est la fin.
Puis il fait un collapsus pulmonaire et personne ne tente quoi que ce soit pour lui. Mais House ne l'entend pas de cette oreille : il lui enfonce de force un respirateur dans la gorge malgré la volonté du musicien. Le tribunal lui interdit peu après de l'approcher à moins de 15 mètres, ce qui lui vaut d'aller plaider sa cause pour gagner du temps. La plainte est retirée, mais le respirateur va être débranché, afin que Giles meure comme il le souhaitait. Si c'est un Wegener comme le pense House, ses poumons ne résisteront pas. Contre toute attente, il respire de lui-même, excluant le Wegener. Mais un caillot se bloque dans la partie de son cerveau commandant son bras gauche, le paralysant. Une embolectomie résout ce problème, et sa paralysie se résorbe peu à peu. Du moins pendant un temps, jusqu'à ce que les symptômes originels réapparaissent. La comparaison des radios montre chez lui une malformation artério-veineuse en bas de la moelle épinière, causant la paralysie. Elle est réparée et Giles peut de nouveau marcher. En consultation, House soigne un quadragénaire qui ne pense qu'à lui réclamer du viagra.
C'est l'histoire d'Adam, un enfant de 10 ans, autiste. Il s'étrangle et hurle de douleur. House prend le dossier mais ne veut pas travailler dans son bureau, car Cuddy a changé la moquette pour dissimuler les traces de sang. House doit donc faire des consultations et y rencontre des patients plus ou moins stupides, selon ses expressions faciales. Alors que Foreman veut un échantillon de selles, Adam joue à sa PSP et Foreman commet l'erreur de le déranger. Ensuite, on le passe au scanner. Puis on veut l'anesthésier pour faire un examen, mais il semble avoir peur du masque à oxygène. House le découvre et teste le masque pour mettre l'enfant en confiance. S'ensuivent quelques maladresses. Il retrouve la fille rencontrée en consultation (voir l'épisode précédent) qui ne fait que commencer le harcèlement amoureux. House déménage son tableau blanc près des salles d'examen pour faire plier Cuddy. Et il ne cessera de déménager : salle de réunion, bureau de Wilson, même la chapelle. Celui-ci ne supporte plus les intrusions de House et de son équipe et veut payer l'ancienne moquette, mais Cuddy refuse. En ce qui concerne le patient, on lui trouve des cellules du foie sous le bras. Cameron découvre à leur domicile que le père est sous antidépresseurs. Foreman, lors d'une autre fouille, découvre dans leur jardin de la stramoine, contenant de l'atropine. House demande à Adam, avec les moyens adaptés, s'il a mangé la stramoine. Mais l'enfant désigne le bac à sable. Pour mettre fin à l'amour de la fille pour lui, House lui dit ce qu'ils risquent s'il acceptait, et elle pleure des larmes de lait : elle revient de Los Angeles, où un tremblement de terre a relâché des spores coccidioidomycosis, qui sont allés dans son cerveau, provoquant le désir, les symptômes du rhume et les larmes de lait. Un peu plus tard, l'enfant est emmené d'urgence en cardiologie. Puis, encore plus tard, son globe oculaire droit bascule. Quand House remarque le tableau de l'enfant plein de vagues, il devine : il a des vers dans l'œil, le Baylisascaris procyonis, un parasite se trouvant dans les excréments du raton laveur. L'enfant ayant mangé le sable, il a avalé le parasite. Ils sont allés dans les poumons, d'où les cris, causés par un épanchement pleural, puis dans le foie, d'où la présence de cellules hépatiques sous le bras, puis dans l'œil d'où son basculement. Pour le remercier de l'avoir tiré d'affaire, Adam donne sa PSP à House, et c'est la première personne qu'il regarde dans les yeux.
Jessica, une jeune fille obèse de 10 ans, a fait une crise cardiaque. On diagnostique d'abord un syndrome X, mais la mère refuse de le croire car selon elle « Jessica se nourrit correctement, et elle fait de l'exercice absolument tous les jours ». L'obésité est alors mise de côté quand Jessica s'énerve sans raison pendant un examen. House a annoncé qu'à la fin de la semaine, délai laissé par Cuddy, il devait licencier un de ses collaborateurs, comme on l'apprend à la fin de l'épisode Un témoin encombrant. Foreman va à son école et apprend de sa marraine d'école que cette dernière l'avait vue en train d'avaler des coupe-faim, pour que Jessica maigrisse. Des nécroses apparaissent ensuite sur la poitrine de Jessica. On envisage alors de retirer les tissus nécrosés, mais une mastectomie est obligatoire. House veut alors trouver la pathologie de Jessica avant l'opération. Quand Chase pense à l'embonpoint comme symptôme plutôt qu'une cause, en remarquant la petite taille de la fille par rapport à sa mère, il songe à un syndrome de Cushing, confirmé par la présence d'une tumeur de l'hypophyse. La tumeur est retirée, Jessica maigrit. De son côté, House choisit Chase, mais Vogler refuse. House refusant de prendre soit Foreman soit Cameron, Vogler le menace « Prenez quelqu'un d'autre ou je mets tout le monde à la porte ! ». En consultation, House doit convaincre un homme que les enfants de sa femme ne sont pas les siens.
Jeff Forster, un coureur cycliste, chute de son vélo pendant une course caritative. House accuse l'emploi d'érythropoïétine. Mais le seul dopage auquel il recourt, ce sont des transfusions et des séjours dans un caisson hyperbare. Dans le même temps, House a de plus en plus de mal avec la présence de Stacy. Jeff a un œdème pulmonaire, et l'embolectomie se passe bien jusqu'à ce qu'il se mette à baver. Pendant qu'on lui fait une ponction lombaire pour déterminer la cause de cette fatigue musculaire, il fait un arrêt respiratoire. Wilson recherche un cancer, dont le syndrome paranéoplasique expliquerait ses symptômes d'atrophie musculaire, mais l'analyse revient négative. La biopsie révèle cependant une érythroblastopénie aiguë, une forme d'anémie probablement causée par l'EPO. Jeff licencie alors son entraîneur car il pense qu'elle le dope en cachette. Puis House se rend compte qu'une transfusion faite par Foreman lui apporte un mieux. Il souffre en fait de la forme chronique de l'érytroblastopénie, qui se soigne avec des transfusions, appelée aussi myasthénie, qui se soigne par séjours dans des caissons hyperbares. Il soignait sa maladie sans même le savoir. Cette maladie est provoquée par un thymome, on lui fait donc une thymectomie, il sort et reprend le cours normal de sa vie. House, en consultation, soigne un ex-fumeur qui souffre de diarrhée à cause des chewing-gum qu'il mâche pour compenser.
Patrick Obyedkov, un virtuose de 35 ans, invalide neurologiquement depuis un accident de bus à 10 ans (et depuis sous la constante surveillance de son père), donne un concert de piano au bénéfice d'une œuvre de charité. Soudain, il a une dystonie aux doigts. Si Patrick, à cause de son accident, a un retard mental certain (il ne comprend pas tout ce qu'on lui dit, il ne sait pas boutonner une chemise lui-même), il se révèle en revanche d'un incroyable talent au piano : House lui amène un piano dans sa chambre pour mesurer son talent et jouer avec lui. Lors d'une IRM, Patrick fait semblant de jouer du piano et House voit l'activité de son cerveau et en déduit un problème cardiaque. Foreman apprend que House va faire des essais à Boston. Le bruit se répand vite : Wilson dira à Cameron que House y va en tant que patient, et Cuddy l'apprendra par un médecin de là-bas, un oncologue spécialiste du cancer du cerveau. Wilson dit à House qu'il l'a dit à Cameron, qui le dira à Chase et Foreman. Cameron l'embrasse pour faire diversion et une prise de sang, mais House l'arrête. Il lui dit alors que son dossier est sous le nom de Luke N. Laura. Foreman trouve sur une IRM un nodule de six centimètres : House n'a plus qu'un an à vivre.
L'équipe se charge de Daryl, 22 ans, un joueur de football américain, qui est soudain pris d'un accès de rage en plein entraînement, au point de se frapper le crâne contre son casque juste après avoir attaqué un coéquipier. Il n'a gardé aucun souvenir de cet acte, mais ressent seulement des douleurs musculaires et articulaires, contre lesquelles il recevait des injections de lidocaïne.
House pense d'abord à une prise de drogues pour améliorer ses performances physiques, mais en vient à penser à un problème sous-jacent. Foreman l'ignore et pense à un adénome hypophysaire qui produit de la GnRH.
Après que toute l'équipe soit sortie du bureau de House, celui-ci rappelle Foreman et l'informe que son grand frère sort de prison. Il l'autorise à prendre des congés, mais Foreman répond qu'il a du travail et ne peut pas aller le chercher.