Shinji se réveille à l'hôpital après avoir vaincu Sachiel, sans souvenir du combat contre l'ange la nuit précédente. Son père ne veut rien avoir à faire avec lui, aussi la chef des opérations de la NERV, la jeune Misato Katsuragi, devient sa tutrice légale. Emménageant dans l'appartement de Misato, il se rappelle la furieuse bataille.