Durante años, el gobierno japonés ha mantenido en secreto que criaturas míticas como los centauras, las lamias o las arpías, existen de verdad. Tres años antes del inicio de la historia, el gobierno hizo pública la existencia de estas criaturas y aprobó la ley del “Intercambio Cultural Interespecies”. Desde entonces, los “liminals” se han convertido en parte de la sociedad humanas, viviendo con familias humanas, aunque con diferentes deberes y restricciones.

Basadas en el juego de survival horror Corpse Party, la historia sigue a Heavenly Host Elementary School, una escuela primaria que fue derribada después de los asesinatos y desapariciones de varios de sus empleados y estudiantes. Por el comienzo de la historia, otra escuela llamada Kisaragi Academy ha sido construida sobre el sitio de la escuela primaria. Una noche, un grupo de estudiantes de Kisaragi están contando historias de fantasmas cuando un terremoto de repente los transporta a otra dimensión donde todavía existe Heavenly Host Elementary School y en donde rondan los fantasmas de los niños asesinados en la escuela. En el juego el jugador toma el control de los estudiantes de Kisaragi Academy mientras tratan de encontrar su camino a casa y sobrevivir a las otras fuerzas misteriosas que acechan en la escuela.