Le 5 septembre, à Washington DC, avant de mourir, la femme du journaliste John Klein raconte à son mari avoir vu une silhouette étrange. Le 12 novembre, à Point Pleasant, en Virginie, ce dernier s'aperçoit, après enquête, que plusieurs personnes de cette petite ville ont été témoins de la même apparition... et que toutes sont décédées. "Créature étrange", "regard glaçant", "grandes ailes", ces indications semblent décrire un spectre diabolique que seules les personnes qui vont mourir aperçoivent. Le 28 novembre, à Denver, dans le Colorado, la silhouette apparaît et 99 personnes périssent. Le 10 décembre, à Point Pleasant, la silhouette de mauvaise augure se manifeste à nouveau... Annonce-t-elle une catastrophe ? La psychose commence.

Une nouvelle Porte des étoiles découverte dans la cité perdue d'Atlantis, au milieu des glaces de l'Antarctique, devient la nouvelle base secrète de l'armée. L'équipe Stargate : Atlantis a pour mission d'explorer la galaxie Pegase, où de nombreuses planètes ont été peuplées par la civilisation humaine qui vivait autrefois dans la cité d'Atlantis. Dans cet univers encore inconnu de la Terre, la nouvelle équipe d'explorateurs rencontrera un nouvel ennemi craint de tous : The Wraith...