La historia nos traslada a un mundo en el que la humanidad estuvo a punto de ser exterminada cientos de años atrás por los gigantes. Los gigantes son enormes, parecen no ser inteligentes y devoran seres humanos. Lo peor es que parece que lo hacen por placer y no por alimentarse. Una pequeña parte de la humanidad ha conseguido sobrevivir protegiéndose en una ciudad con unos altísimos muros, más altos que el mayor de los gigantes. La ciudad vive su vida tranquila, y hace más de 100 años que ningún gigante aparece por allí. Eren y su hermana adoptiva Mikasa son todavía unos adolescentes cuando ven algo horroroso: un gigante mucho mayor que todos los que la humanidad había conocido hasta el momento está destruyendo los muros de la ciudad. No pasa mucho tiempo hasta que los gigantes entran por el hueco abierto en el muro y comienzan a devorar a la gente.

La historia se centra en una clase maldita y en los hilos del destino que llevan a todos los alumnos y alumnas de la misma hasta a la muerte. Hacía 26 años iba a esa clase una chica llamada Misaki. Buena deportista, popular, caía bien a todo el mundo, las mejores notas? pero un día murió dejando un vacío enorme en sus compañeros de clases. Estos, decididos a no olvidarla, siguieron actuando como si Misaki siguiera viva hasta la graduación. Años después, en primavera de 1998, un chico llamado Koichi Sakakibara es transferido a esa clase para no tardar en darse cuenta de que hay algo raro ahí, especialmente con esa tal Misaki que siempre ve al fondo de clase dibujando sola y que lleva un parche.