Lorsqu'au beau milieu de la nuit, une invasion extraterrestre transforme une ville de l'Illinois en champ de bataille, Emery, 6 ans, tombe nez à nez sur un alien de son âge, qu'elle décide d'héberger à l'insu de ses parents. Les autorités ne tardent pas à le retrouver et lui tirent dessus, laissant la petite fille traumatisée par cette rencontre du troisième type. Dix ans plus tard, alors que les intrus, nommés les Atrians, sont restés coupés du monde dans un camp à l'écart de la ville, sept d'entre eux sont selectionnés pour intégrer un lycée afin de tester leurs capacités d'adaptation à la vie humaine. Parmi eux : Roman, le petit alien qui a bien grandi et qui ne va pas tarder à croiser le regard d'Emery...

Une nouvelle Porte des étoiles découverte dans la cité perdue d'Atlantis, au milieu des glaces de l'Antarctique, devient la nouvelle base secrète de l'armée. L'équipe Stargate : Atlantis a pour mission d'explorer la galaxie Pegase, où de nombreuses planètes ont été peuplées par la civilisation humaine qui vivait autrefois dans la cité d'Atlantis. Dans cet univers encore inconnu de la Terre, la nouvelle équipe d'explorateurs rencontrera un nouvel ennemi craint de tous : The Wraith...