Debido a la incapacidad de Asuka de pilotar, la cual además se encuentra en un estado catatónico, Seele envía a un misterioso Quinto Niño llamado Kaworu Nagisa. El muchacho se gana rápidamente la confianza de Shinji, con el que forja una profunda relación sentimental. Sin embargo, Kaworu resulta ser el decimoséptimo Ángel, Trabis, y toma posesión del EVA-02 sin pilotarlo e intenta alcanzar a Adán. Shinji lo persigue y lucha con el EVA-02, al que finalmente destruye, con Kaworu dándose cuenta de que en realidad no era Adán, sino Lilith, y se niega a provocar el Tercer Impacto. Posteriormente, le pide a Shinji que acabase con su existencia, puesto que para él, quien estaba destinado a vivir para siempre, la muerte es la única libertad absoluta. A Shinji no le queda otra alternativa más que hacerlo, pero sufre el horror de tener que quitar la vida a la única persona que dijo que lo amaba. Un destrozado Shinji se lamenta con Misato, a quien le dice que «Kaworu dijo que me amaba. Yo lo amé también». Con su muerte, NERV elimina al último Ángel esperado.

Ritsuko le enseña una nueva técnica de digitación a su asistente Maya Ibuki. Se explica cómo funciona MAGI, el sistema diseñado por la doctora Akagi, madre de Ritsuko, gobernado por tres subsistemas: Melchor, Gaspar y Baltasar. La creadora explicó que cada parte representa un aspecto de su personalidad: como científica, madre y como mujer. Tiene incluso implantado su cerebro. Ireul, el décimo primer ángel aparece en forma de virus informático, infestando a los primeros dos sub-sistemas. Ritsuko e Ibuki utilizan sus habilidades y algunos secretos de la madre de Ritsuko para eliminar el virus. Ritsuko comenta a Misato, al final, que de su madre no sabe nada, aunque como científica la admira, pero como mujer la detesta, aunque fuese esa la parte que se resistió a ceder ante el ángel.