Le commandant en second Fuyutsuki est enlevé et interrogé par la SEELE, qui est outragée que lors de son dernier combat l'Eva-01 ait absorbé l'organe S² d'un ange, ce qui lui permet de fonctionner indéfiniment sans source externe d'énergie. Pendant ce temps, Kaji déserte pour finalement essayer de trouver la vérité sur la NERV. Dans son entretien avec la SEELE, Fuyutsuki raconte sa première rencontre avec Gendô, Yui, les évènements obscurs qui entourent le second impact, et comment la NERV et le projet Evangelion sont nés. Les flashbacks révèlent aussi l'histoire de Misato, Ritsuko et Rei.