Une nouvelle Porte des étoiles découverte dans la cité perdue d'Atlantis, au milieu des glaces de l'Antarctique, devient la nouvelle base secrète de l'armée.
L'équipe Stargate : Atlantis a pour mission d'explorer la galaxie Pegase, où de nombreuses planètes ont été peuplées par la civilisation humaine qui vivait autrefois dans la cité d'Atlantis. Dans cet univers encore inconnu de la Terre, la nouvelle équipe d'explorateurs rencontrera un nouvel ennemi craint de tous : The Wraith...
Appliquant les lois de la vie sur Terre au reste de la galaxie, cette série mélange science et fiction pour imaginer la vie extraterrestre sur d'autres planètes.
Au 23ème siècle, les hommes ont colonisé le système solaire et les Nations-Unies contrôlent la Terre. Mars est devenue une puissance militaire indépendante et les autres planètes dépendent des ressources de la ceinture d'astéroïdes, où les conditions de vie sont pénibles et les habitants contraints de travailler durement. Au fil des ans, les tensions entre la Terre, Mars et la Ceinture ont pris une telle ampleur qu'une simple étincelle pourrait déclencher une guerre.
Dans ce contexte tendu, la disparition d'une jeune femme va entraîner le détective chargé de l'affaire et le capitaine d'un vaisseau dans une course à travers le système solaire pour découvrir le plus grand complot de l'histoire de l'humanité.
Six mois après l'invasion de la Terre par des extraterrestres, la planète est en ruine et les survivants humains tentent de faire face. Les résistants s'organisent pour combattre les forces ennemies. Tom Mason, un ancien professeur d'histoire, se retrouve propulsé en tant que commandant en second du 2ème Régiment du Massachusetts. Si le but des survivants est d'essayer de subsister, certains d'entre eux vont également essayer de comprendre la raison de cette invasion.
Le vaisseau spatial Enterprise est commandé par le Capitaine Kirk, assisté de M. Spock, originaire de la planète Vulcain. Leur mission : explorer l'univers et découvrir de nouveaux mondes.
Les envahisseurs, ces êtres étranges venus d'une autre planète. Leur destination : la Terre. Leur but : en faire leur univers. David Vincent les a vus. Pour lui, tout a commencé par une nuit sombre, le long d'une route solitaire de campagne, alors qu'il cherchait un raccourci que jamais il ne trouva. Cela a commencé par une auberge abandonnée et par un homme devenu trop las pour continuer sa route. Cela a commencé par l'atterrissage d'un vaisseau venu d'une autre galaxie. Maintenant, David Vincent sait que les envahisseurs sont là, qu'ils ont pris forme humaine et qu'il lui faut convaincre un monde incrédule que le cauchemar a déjà commencé...
Une soucoupe volante atterrit sur Terre. Alors qu'on les croyait hostiles, les extraterrestres sont en fait porteurs d'un message de paix pour l'humanité.