Em Super Mario Odyssey, o jogador joga como Mario em suas aventuras por terras além do Reino dos Cogumelos com o auxílio de um novo personagem introduzido no jogo, o Cappy. Esse "chapéu vivo" garante um novo acréscimo à dificuldade e a dinâmica já vista nos jogos anteriores, pois além de ser uma forma de ataque além do seu tradicional pulo, ele dá também a habilidade de "capturar" os carismáticos inimigos da série e alguns objetos. A nova mecânica funciona da seguinte maneira: ao chacoalhar os Joy-Cons ou apertar um simples botão, Cappy é arremessado e volta para a cabeça de Mario automaticamente, apenas se não encostar em algo que ele possa interagir. Há também vários outros simples movimentos com os Joy-Cons que fazem o chapéu rodear o cenário de maneiras diferentes, sendo útil de várias maneiras, como por exemplo a possibilidade de coletar moedas eliminar inimigos ao seu redor com mais rapidez. As mecânicas já vistas anteriormente como o "Ground Pound" e o "Wall Jump" também estão presentes no game.
O jogo consiste em coletar "Power Moons" (Luas de Poder) para poder viajar pelo mundo com a nave Odyssey. O mundo é dividido em 17 reinos, que possuem características únicas e foram planejados para diferentes formas de exploração. Alguns também fazem referência a lugares famosos reais, como ocorre em New Donk City. Cada lugar tem suas Regional Coins (moedas regionais), e elas tem uma forma diferente dependendo da região onde se localizam. Um detalhe importante é que o game inclui em seus reinos pequenas partes com a gameplay em 2D que servem para escalar construções ou para ir a outro lugar do cenário, nos remetendo aos antigos jogos da franquia. A jogabilidade é quase a mesma de Super Mario Bros. do NES com pouquíssimas alterações (como em alguns trechos onde a gravidade muda).
Elementos fixos da franquia não foram colocados no jogo, como o sistema de vidas e os Power-Ups. Ao morrer, Mario apenas perde 10 moedas e retorna do seu último checkpoint (mesmo se não tiver nenhuma moeda não ocorre um Game-Over). Para gastar suas moedas o jogo apresenta a lojas Crazy Cap. Localizadas em todos os reinos, é aonde são vendidas roupas novas para o Mario e outros itens colecionáveis. As roupas podem ser compradas tanto com as moedas normais quanto com as moedas locais, e algumas são desbloqueadas também com os amiibos (apesar de não precisar ter um, uma vez que todas as roupas e colecionáveis já são desbloqueáveis dentro do próprio jogo). Cada Amiibo também pode interferir no gameplay de um jeito, como dando invencibilidade temporária, vidas extras e revelando localizações de Power Moons.
O game também apresenta o "Snapshot Mode", onde o jogador pode pausar e tirar fotos durante o gameplay, mudand
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