Años después de los sucesos de Alerta máxima, Casey Ryback (Steven Seagal) se dispone a abordar un tren junto a su sobrina Sarah (Katherine Heigl), hija de su difunto hermano y a quien hace tiempo que no ve. Ambos se disponen a acudir a Los Ángeles para acudir al funeral del hermano de Casey.

Cuando el tren se pone en marcha, una serie de hombres eliminan a los maquinistas y toman control del tren. Son los hombres de Marcus Penn (Everett McGill), mercenarios contratados por Travis Dane (Eric Bogosian), un lunático experto en ordenadores y ciberterrorista que anteriormente había trabajado para la CIA. Los mercenarios de Dane secuestran el tren mientras se hallaban cruzando las Montañas Rocosas; su objetivo son dos agentes del Departamento de Defensa de los Estados Unidos, los cuales poseen los códigos para controlar el Grazer, un satélite militar. Tras deshacerse de ellos, Dane contacta con el Alto Mando estadounidense para informar de que ahora posee el control de Grazer y demanda un billón de dólares a cambio de no destruir el reactor nuclear ubicado bajo el Pentágono; Dane demuestra el poder del Grazer destruyendo una planta de residuos china que en realidad era una fábrica de armas químicas.

Ryback comienza a avanzar por el tren con la ayuda de Bobby Zachs (Morris Chestnut), un camarero de a bordo que se une a él a regañadientes y que actúa como alivio cómico.

El Alto Mando cree haber detectado el Grazer, de manera que emplean otro de sus satélites para destruirlo: pero Dane camufló el Grazer entre un gran número de satélites espía, de manera que el Alto Mando no podría derribarlos a todos antes de que Dane cumpla su objetivo. Por su parte, Ryback consigue contactar con el almirante Bates e informarle de la situación, de manera que estos envían un bombardero silencioso Lockheed F-117 Nighthawk para destruir el tren como último recurso, sin embargo, Dane lo derriba en pleno vuelo.

Ryback consigue llevarse el CD que contiene los códigos de control del Grazer y se cae en marcha del tren. Los hombres de Penn detienen el tren y acuden a buscarlo; entre Ryback y Zachs acaban con ellos, sin embargo, pierden el CD con los códigos. Penn lo encuentra por casualidad y reanuda la marcha, creyendo que Ryback ya no se encuentra a bordo. Se descubre que el plan de Dane y Penn es escapar en un helicóptero provocando que el tren impacte junto a los pasajeros y a la mayoría de los mercenarios.

Ryback consigue regresar al tren y llega hasta el vagón donde se encuentran Dane y Penn. Zachs llega hasta el helicóptero, mientras Penn toma a Sarah como rehén para atraer a Ryback. Este confronta a Penn y, tras una lucha a cuchillo y cuerpo a cuerpo, acaba con él.

Viendo frustrados sus planes, Dane reubica el Grazer para que destruya Washington D.C.. En ese momento, Ryback dispara al teléfono satelital de Dane, haciendo que este pierda el control del Grazer de manera que el Alto Mando puede destruirlo segundos antes de que lance su ataque sobre el Pentágono. Momentos antes de que el tren impacte, Ryback, Zachs y Sarah consiguen alcanzar el helicóptero, seguidos de cerca por Dane.