Se revelan más secretos del pasado de Asuka y sus sentimientos de autosuperación, ante el abandono de una madre que cayó en la locura, confundiéndola con una muñeca. Durante las pruebas de NERV vemos sus recuerdos que provocan un índice muy bajo de sincronización. Se habla de la creación de los EVA en serie, las unidades del 05 al 13. Comienzan a asentarse los conflictos entre NERV y SEELE. Arael, el décimo quinto ángel llega y Asuka es víctima de un ataque psicológico a distancia. Rei se hace cargo del rescate, ya que Shinji y el EVA-01 no están disponibles. Para derrotar al ángel, Gendo ordenó a Rei utilizar la Lanza de Longinus, que se encontraba en el pecho de Lilith y como consecuencia, se perdió para siempre.

Misato elabora una estrategia para vencer a Ramiel y sabe que cuenta con muy poco tiempo y pocas posibilidades de triunfar, pero aun así es optimista. Mediante unos señuelos, se comprueba que el ángel ataca automáticamente a cualquier blanco que se aproxime a su radio de percepción, por lo que la única salida es atacar a distancia por sorpresa, desactivando su campo TA momentáneamente. Shinji será el encargado de usar el prototipo del rifle de positrones experimental para dispararle, (el cual necesita de 180 gigavatios, que serán absorbidos de toda la energía de Japón), mientras Rei usa un escudo capaz de contener el ataque del ángel por 17 segundos. La operación se llama Yashima. A pesar de la gran lucha, Shinji acierta en el segundo disparo, a tiempo para rescatar a Rei, quien lo protegía con su escudo.

Ritsuko le enseña una nueva técnica de digitación a su asistente Maya Ibuki. Se explica cómo funciona MAGI, el sistema diseñado por la doctora Akagi, madre de Ritsuko, gobernado por tres subsistemas: Melchor, Gaspar y Baltasar. La creadora explicó que cada parte representa un aspecto de su personalidad: como científica, madre y como mujer. Tiene incluso implantado su cerebro. Ireul, el décimo primer ángel aparece en forma de virus informático, infestando a los primeros dos sub-sistemas. Ritsuko e Ibuki utilizan sus habilidades y algunos secretos de la madre de Ritsuko para eliminar el virus. Ritsuko comenta a Misato, al final, que de su madre no sabe nada, aunque como científica la admira, pero como mujer la detesta, aunque fuese esa la parte que se resistió a ceder ante el ángel.

A partir de la incorporación del S2, el EVA-01 tiene autonomía, pero como Shinji sobrepasó el 400 % de sincronización, fue absorbido por la unidad, como le sucedió a su madre años atrás. Comienza el plan de rescate, y cuando quedan pocas esperanzas, el núcleo S2 se activa y Shinji cae al suelo desnudo. Su madre lo ha salvado otra vez, y Misato lo abraza mientras llora como si fuera su propio hijo, poco después Misato va con Kaji y se pasan toda la noche teniendo relaciones sexuales, también durante esos momentos, Kaji le entrega a Misato un chip en forma de cápsula con toda la información que él tiene sobre NERV, para que ella continue su investigación.