Martin Mystère est un jeune adolescent de 16 ans, employé en tant qu'agent spécial au « Centre », une organisation secrète spécialisée dans les phénomènes paranormaux dirigé par M.O.M. Souvent dragueur lors des missions qui lui sont attribuées, il enquête, en compagnie de sa demi-sœur Diana Lombard, de Java des Cavernes et avec l'aide, aussi, de sa montre-gadget Chrono-Scan, dans des endroits très étranges, mystérieux et effrayants où se trouvent des créatures inimaginables.