Stati Uniti, primi anni ottanta. La cronologia degli eventi che portano alla terza guerra mondiale è dipinta interamente attraverso notiziari televisivi e radiofonici. L'Unione Sovietica ha avviato un riarmo militare in Germania Est, ammassando truppe lungo il fiume Elba fino alla frontiera con la Cecoslovacchia, con l'obiettivo di intimidire gli Stati Uniti per farli ritirare da Berlino Ovest. Quando gli Stati Uniti decidono di non indietreggiare, divisioni corazzate sovietiche vengono inviate al confine fra le due Germanie, presso il varco di Fulda.
Durante la sera di venerdì 15 settembre i telegiornali segnalano una "ribellione diffusa tra le diverse divisioni della Nationale Volksarmee". A causa di questa ribellione, i sovietici bloccano ogni accesso a Berlino Ovest, sui varchi di Lauenburg, Helmstedt, Herleshausen e Rudolphstein ed, in seguito, agli aeroporti di Tegel e Tempelhof. La tensione sale e gli Stati Uniti emettono un ultimatum secondo il quale i sovietici devono porre fine al blocco entro le ore 6:00 del giorno dopo, o sarà interpretato come un puro atto di guerra. I sovietici categoricamente si rifiutano, ed il presidente degli Stati Uniti mette tutti i militari americani a DEFCON 2...
Chihiro è una bambina di 10 anni che sta traslocando coi suoi genitori in un'altra città quando il padre della bambina prende la strada sbagliata e raggiunge un tunnel. Nonostante la figlia non desideri proseguire, i genitori si addentrano nel cunicolo sbucando in una radura con delle case. Pensando di aver trovato un parco divertimenti abbandonato il padre si addentra nel complesso per visitarlo, seguito dalla moglie e, a malincuore, da Chihiro. I tre superano il letto di un fiume in secca e si trovano in una città composta interamente da ristoranti e locali, e su un bancone trovano un ricco buffet. I genitori si siedono e cominciano a mangiare, pensando di pagare quando si mostrerà qualcuno. Chihiro intanto esplora la zona e trova un grande complesso di bagni pubblici chiamato Aburaya. Un giovane ragazzo, Haku, le ordina di andarsene, ma tornando indietro la bambina scopre che i genitori sono diventati maiali e che non riesce ad attraversare il fiume ormai in piena...
Makoto Konno è una studentessa delle superiori; un giorno inciampa nel laboratorio di scienze e per sbaglio urta un congegno che, come sarà rivelato più tardi, consente di viaggiare nel tempo. Quando la fanciulla cade dalla propria bicicletta sta per essere travolta da un treno, ma inaspettatamente si salva, cosi scopre che, se compie un salto abbastanza lungo, può tornare indietro nel tempo ad un momento a scelta della sua vita...
La sera del 21 settembre 1945, nell'atrio della stazione ferroviaria di Kōbe, un ragazzo muore di fame fra l'indifferenza dei passanti. Tutto quello che possiede è soltanto una scatola di latta delle caramelle "Sakuma Drops" che contiene piccoli frammenti di ossa. Quando la scatola viene gettata via da un inserviente, appare il fantasma di una bambina, che la raccoglie venendo presto raggiunta da quello del ragazzo. Inizia così il flashback che racconta la loro storia...
La storia ruota attorno a Shoya Ishida, un ragazzo che, insieme ai suoi amici, prese di mira con atti di bullismo la compagna Shoko Nishimiya, sorda, quando era alle elementari. Quando Nishimiya cambiò scuola a causa di ciò, tutti i suoi amici e insegnanti fecero ricadere la colpa solo su di lui, portandolo a isolarsi fino al liceo, momento in cui decide di fare ammenda per i suoi errori. Si riunisce improvvisamente con Nishimiya, che non ha amici a causa della sua timidezza; rendendosi conto che entrambi stanno soffrendo a causa delle sue azioni passate, Ishida intraprende un percorso di redenzione cercando di riunire Nishimiya con i loro vecchi compagni di classe, poiché la ragazza non ha mai avuto modo di stringere amicizia con loro allora, inclusi Naoka Ueno, che serba rancore contro Nishimiya per aver "causato" l'isolamento di Ishida; Miki Kawai, la loro narcisistica ex dirigente di classe; e Miyoko Sahara, una ragazza gentile che è stata l'unica a tentare di fare amicizia con Nishimiya anni prima. Fanno anche nuove amicizie come con Tomohiro Nagatsuka, un ragazzo che è stato difeso da Ishida contro un bullo; e Satoshi Mashiba, il fidanzato di Kawai...