Les ninjas se retrouvent pris au piège dans une ancienne pyramide et menacés par de la lave en fusion. Ils doivent s'évader pour protéger Ninjago City d'une nouvelle invasion de serpents
Tandis que Lloyd et Harumi fouillent le temple Oni à la recherche du troisième masque, les ninjas sont pris en otages et découvre les véritables intentions de la princesse.
Pythor découvre la cité perdue d'Ouroboros où se trouve le Grand Dévoreur. Il arrive une nouvelle fois à réunir tous les serpents. Lloyd connait ses plans.
Les parents de Jay lui rendent une visite surprise dans la nouvelle habitation des ninjas. Jay est agacé par leur présence et les force à s'en aller après avoir promis qu'il irait leur rendre visite.
Le moment est venu pour les Ninjas de découvrir le second indice. Il s'agit du Sabre du Sanctuaire, qui se trouve au Royaume des Nuages. Mais ce royaume n'est accessible qu'en pénétrant au coeur d'un cyclone nommé «l'oeil de l'Aveugle»...
Pour arrêter Unagami, les ninjas doivent se procurer trois Key-tanas. Le premier se trouve à Terra Karana, l'une des zones les plus dangereuses du jeu.