Une nouvelle Porte des étoiles découverte dans la cité perdue d'Atlantis, au milieu des glaces de l'Antarctique, devient la nouvelle base secrète de l'armée. L'équipe Stargate : Atlantis a pour mission d'explorer la galaxie Pegase, où de nombreuses planètes ont été peuplées par la civilisation humaine qui vivait autrefois dans la cité d'Atlantis. Dans cet univers encore inconnu de la Terre, la nouvelle équipe d'explorateurs rencontrera un nouvel ennemi craint de tous : The Wraith...

Au 23ème siècle, les hommes ont colonisé le système solaire et les Nations-Unies contrôlent la Terre. Mars est devenue une puissance militaire indépendante et les autres planètes dépendent des ressources de la ceinture d'astéroïdes, où les conditions de vie sont pénibles et les habitants contraints de travailler durement. Au fil des ans, les tensions entre la Terre, Mars et la Ceinture ont pris une telle ampleur qu'une simple étincelle pourrait déclencher une guerre. Dans ce contexte tendu, la disparition d'une jeune femme va entraîner le détective chargé de l'affaire et le capitaine d'un vaisseau dans une course à travers le système solaire pour découvrir le plus grand complot de l'histoire de l'humanité.

Il y a bien longtemps, dans une galaxie très lointaine... La Fédération du Commerce impose par la force la taxation des routes commerciales à la pacifique planète Naboo. Les chevaliers Jedi Qui-Gon Jinn et Obi-Wan Kenobi sont envoyés sur place...

Le vaisseau spatial Enterprise est commandé par le Capitaine Kirk, assisté de M. Spock, originaire de la planète Vulcain. Leur mission : explorer l'univers et découvrir de nouveaux mondes.