Moro parvient à s'emparer du bâton de Sensei Wu sur lequel est inscrit un message codé conduisant à la tombe du premier maître du Spinjitzu. Cette tombe contient un pouvoir immense, et les Ninjas doivent la trouver avant Moro. Pour cela, ils doivent déchiffrer le code du message dont ils ne connaissent qu'un symbole, celui de l'Airjitzu. Cet art martial disparu est expliqué dans un parchemin volé. Afin de sauver Lloyd et retrouver leurs pouvoirs, les Ninjas partent en quête de ce parchemin
Cole lloyd et Nya tentent une opération commando pour libérer Jay des griffes de Nadakhan. Il s'agit de glisser quelques gouttes de venin de Veuve du Tigre dans son cidre de Fougère. Mais rien ne se passe comme prévu, et les ninjas subissent de grosses pertes.
Les ninjas se retrouvent pris au piège dans une ancienne pyramide et menacés par de la lave en fusion. Ils doivent s'évader pour protéger Ninjago City d'une nouvelle invasion de serpents
Les ninjas parcourent Ninjago City au volant de leurs véhicules dorés pour vaincre les guerriers de cristal grâce au booster que Pixal a installé. L'espoir est de courte durée et le Bounty est attaqué par des Dragonides. Les monstres cristallisés viennent à bout des nouveaux véhicules des ninjas. Maître Wu affronte le roi de Cristal, mais il est projeté dans le vide avec le Bounty.
Afin d'empêcher le Lord Suprême de voler les pouvoirs du maître d'or et ainsi devenir tout puissant, les ninjas doivent être numérisés pour aller le combattre à l'intérieur du Digivers. Les voilà plongés dans un jeu vidéo dont ils devront très vite comprendre les règles s'ils veulent avoir une chance de s'en sortir. Pendant ce temps, dans le monde réel, Pythor tente de piéger les ninjas à l'intérieur de l'univers numérique à tout jamais...