En 1798 à Paris, Alexander von Humboldt fait la connaissance du botaniste Aimé Bonpland. Ensemble, ils embarquent pour une expédition scientifique en Amérique du Sud. Durant leur voyage qui va durer 5 ans, et guidé par le jeune Carlos, ils vont remonter l'Orénoque et explorer l'Amazonie 50 ans après La Condamine, traverser les Andes et gravir le volcan Chimborazo en répertoriant de nombreuses espèces alors inconnues, découvrir le Courant de Humboldt, avant de rencontrer à Washington le Président Jefferson.
Alors que se développe l'immense Empire Perse, en Méditerranée vers −1 500 av. J-C, de nombreuses civilisations apparaissent, notamment la civilisation minoenne, en Crète. Mille ans plus tard, Pierre et Le Gros, citoyens d'Athènes, vivent à l'époque de Périclès, Socrate et Phidias. Ce dernier, sculpteur, est représenté sous les trais de Maestro. Leur vie est rythmée par le théâtre et les votes. En parallèle la concurrence avec Sparte nous est décrit par le Teigneux et son fils au travers de vignettes relatant la sélection des bébés aux Apothètes, l'éducation spartiate avec l'anecdote de l'Enfant au renard et les noces spartiates. Les protagonistes se retrouvent pacifiquement lors des Jeux Olympiques puis lors de la guerre entre Athènes et Sparte qui préfigure la chute de la démocratie athénienne.
Le capitaine et ses compagnons découvrent que Joan a été transformée sur ordre du roi Sorix : elle est devenue un être électrique doté de l'immortalité. Elle propose au capitaine de devenir comme elle, mais le capitaine refuse. Peu après, Zahan, le chef des gardes, avoue au capitaine que tous les habitants ont été transformés contre leur volonté en êtres électriques et que l'immortalité est pénible à supporter.
Le Capitaine Flam est amené devant le roi Sorix. Une vive discussion s'engage avec le roi, le capitaine reprochant l'attaque des vaisseaux alors qu'ils étaient pacifiques. Plus tard, Zahan informe le capitaine que les vrais maîtres de la planète sont les « Luxoïdes » et que beaucup d'habitants sur la planète attendent un meneur pour procéder à une révolte globale : le capitaine accepterait-il ce rôle pour renverser le roi Sorix et ses connaissances techniques leur permettraient-ils de retrouver leur corps mortel d'autrefois ?
Pendant ce temps, le roi Sorix s'interroge : doit-il mettre à mort le capitaine ? Son principal conseiller, Kweldel, lui suggère de n'en rien faire, le capitaine étant un humain différent des autres.
Le capitaine étudie la peau de Zahan : il estime que le processus d'électrification est réversible et qu'il peut redonner aux habitants leur ancienne forme non-électrique. Il a aussi une discussion avec Joan : la jeune femme lui révèle qu'elle avait accepté de devenir un être électrique afin de comprendre « de l'intérieur » la civilisation de la comète, et qu'elle avait pensé se donner la mort ultérieurement.
Par la suite, profitant que le roi préside le Bal de l'Électricité, le capitaine ordonne l'attaque de la résidence royale.
Fille d'un fleuriste, Kumi rapporte des fleurs chez elle ; la demoiselle est loin de se douter qu'elle est la proie d'un nouveau plan des C-Rex visant à éliminer X-OR. Ayant réduit sa taille de moitié, Samourai Ari Monster, qui se nourrit du pollen des fleurs, est en effet dissimulé dans les plantes...
Albérich le frère de Miimé cherche à dérober l’Or du Rhin qui lui permettrait d’avoir assez de pouvoir pour se venger de Wotan le roi des Dieux du Walhalla qui a autrefois décimé son peuple : les Nibelungen. Mais en faisant cela Alberich risque de déstabiliser l’univers et de provoquer un Big Crunch. Pour empêcher cela Miimé a décidé d’aller aider les gardiennes de l’Or sur la planète Rhin. Comme elle a quitté l’Arcadia sans rien dire à Harlock (Albator) et Toshirô, ces derniers partent à sa recherche sans savoir qu’ils vont être mêlés à un conflit qui les dépasse.
L'agent spécial est toujours embarqué sur L'Atlantis. Elle veut trouver l'emplacement de la planète que recherche Albator, et détruire L'Atlantis. Bientôt, un feu se déclare à bord: il s'agit d'un nouveau sabotage...
1x08 ● L'armada royale
Nausica capte deux effrayants signaux provenant de la planète Terre. L'un est émis par la sphère noire des Sylvidres, l'autre par la pyramide. Rapidement, Albator et son équipage apprennent que ces signaux sont émis à destination de l'escadron royal des Sylvidres...
1x09 ● Les humanoïdes végétales
L'escadron royal des Sylvidres est en route vers la planète bleue, tandis que le docteur Zéro fait une étonnante découverte: les Sylvidres ne sont pas des femmes extraterrestres, mais en réalité des plantes ayant pris l'apparence de femmes...
1x10 ● La planète de l'amour
Le capitaine corsaire, qui a découvert une mystérieuse urne appartenant aux Sylvidres, est décidé coûte que coûte à découvrir sa signification. Mais l'attaque des Sylvidres porte un coup à cette volonté: l'Atlantis est attaqué ! Le combat fait alors rage...
1x11 ● Les naufrageuses d'âmes
Albator, en route pour Venus, croise un vaisseau à la dérive appartenant aux Sylvidres. A l'intérieur, il y découvre une Sylvidre encore en vie et la capture. Celle-ci ne s'avère malheureusement pas aussi inoffensive que cela et échappe à la surveillance de Ramis...
1x12 ● Le complexe d'Oedipe
La Sylvidre capturée par Albator s'est enfuie. L'équipage de l'espace arrive néanmoins sur la planète Venus, où les Sylvidres ont établi leur quartier général. Le jeune Ramis se retrouve à nouveau devant la créature qui l'a trompé peu de temps auparavant...
1x13 ● Une micro-poussière de temps
Albator poursuit son combat contre les Sylvidres. L'une de ces maléfiques créatures tente de piéger le jeune et fougueux Ramis en prenant l'apparence de sa mère défunte. Nos héros découvrent ensuite un monde parallèle ou le temps est infiniment plus long...
1x14 ● Le piège des sables
Albator et son équipage se rendent en Egypte. C'est en effet là que le sombre Vilak a emmené la petite Stellie qu'il a kidnappée. Le capitaine corsaire doit grimper à cheval dans les sables égyptiens pour défier Vilak...
Venom utilise des gaz soporifiques pour endormir une tribu indienne. Puis ils peignent le dos du chef avec une peinture spéciale pour faire apparaître un tatouage qui indique l'emplacement de perles d'huîtres géantes.
Nos amis font escale sur un monde mystérieux menacé par les Monstroplantes. Ils découvrent que la vie de cette planète est réglée selon un étrange carillon qui la protège des envahisseurs...